El Viceministerio de Cooperación Internacional, es la instancia a través de la cual el MEPyD ejerce la coordinación y rectoría del Sistema Nacional de Cooperación Internacional para el Desarrollo (SINACID). Es el responsable de definir las políticas, normas y procedimientos para la solicitud, recepción, gestión y evaluación de la cooperación técnica y financiera no reembolsable, que recibe y oferta el país, con el fin de asegurar el aprovechamiento estratégico de los recursos.  

El Viceministerio tiene el compromiso de orientar los recursos de la cooperación internacional no reembolsable hacia las prioridades establecidas en el Plan Nacional Plurianual del Sector Público y los compromisos internacionales de desarrollo de los cuales el país es signatario. Participa en la negociación de los convenios de cooperación internacional, da seguimiento a la ejecución de las iniciativas, mantiene las relaciones con los socios de cooperación y promueve el diálogo, la participación e interrelación de los actores del SINACID.