Para ejercer sus funciones, el Viceministerio de Cooperación Internacional se apoya en Dirección de Análisis y Coordinación de la Cooperación Internacional (DACCI) y en sus órganos operativos, las Direcciones Generales de Cooperación Bilateral (DIGECOOB), Dirección General de Cooperación (DIGECOOM) y la Dirección de Cooperación Regional (DICOOR).