El Despacho del ministro constituye la instancia directiva. Está conformado por la Unidad Institucional de Planificación y Desarrollo, el Centro de Capacitación en Planificación e Inversión Pública, la Unidad de Comunicación, la Coordinación del Despacho y la Unidad Asesora de Análisis Económico y Social.

Para la definición, dirección, coordinación y seguimiento de las políticas a su cargo, el ministro de Economía, Planificación y Desarrollo ejerce la rectoría del Sistema Nacional de Planificación e Inversión Pública, del Sistema Nacional de Cooperación Internacional No Reembolsable, del Sistema Nacional de Ordenamiento y Ordenación del Territorio.

Así mismo, ejerce la coordinación permanente del Gabinete Económico, proponer al Consejo de Gobierno políticas de desarrollo económico, social, territorial y administrativas sostenibles, tomando en cuenta el uso racional y eficiente de los recursos productivos e institucionales, así como promoviendo la equidad de género.

También le corresponde presentar al Consejo de Gobierno para su aprobación, el Plan Nacional Plurianual del Sector Público y sus correspondientes actualizaciones anuales, velar por el desarrollo y mantenimiento del Sistema Estadístico Nacional, entre muchas otras.